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香港公司代表處申報納稅問題可以參考《國家稅務總局關于印發〈外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法〉的通知》。通常外國企業常駐代表機構為其總機構客戶，其他企業從事居間介紹，代理等服務業務，或為其母公司及其所屬各子公司(直接委派該常駐代表機構的公司除外)提供服務，不能提供有關合同，協議書等資料，憑證，據以正確申報收入額的;或者常駐代表機構不能提供準確的證明文件，區分其是自營商品貿易還是代理商品貿易的，可由常駐代表機構向所在地稅務機關提出申請，報稅務機關批準，以其經費支出額換算收入，并據以征收營業稅和所得稅。
根據《國家稅務總局關于印發〈外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法〉的通知》(國稅發〔2010〕18號)第六條規定，代表機構應當按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬簿，根據合法、有效憑證記賬，進行核算，并應按照實際履行的功能和承擔風險相配比的原則，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，并按照《增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。第八條規定，采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可調整為據實申報方式。第十一條規定，本辦法自2010年1月1日起施行。
國家稅務總局 關于印發《外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法》的通知 國稅發[2010]18號
外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法
第一條 為規范外國企業常駐代表機構稅收管理，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》(以下簡稱稅收征管法)及其實施細則、《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例、《中華人民共和國營業稅暫行條例》及其實施細則、《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則，以及相關稅收法律法規，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱外國企業常駐代表機構，是指按照國務院有關規定，在工商行政管理部門登記或經有關部門批準，設立在中國境內的外國企業(包括港澳臺企業)及其他組織的常駐代表機構(以下簡稱代表機構)。
第三條 代表機構應當就其歸屬所得依法申報繳納企業所得稅，就其應稅收入依法申報繳納營業稅和增值稅。
第四條 代表機構應當自領取工商登記證件(或有關部門批準)之日起30日內，持以下資料，向其所在地主管稅務機關申報辦理稅務登記：
(一)工商營業執照副本或主管部門批準文件的原件及復印件;
(二)組織機構代碼證書副本原件及復印件;
(三)注冊地址及經營地址證明(產權證、租賃協議)原件及其復印件;如為自有房產，應提供產權證或買賣契約等合法的產權證明原件及其復印件;如為租賃的場所，應提供租賃協議原件及其復印件，出租人為自然人的還應提供產權證明的原件及復印件;
(四)首席代表(負責人)護照或其他合法身份證件的原件及復印件;
(五)外國企業設立代表機構的相關決議文件及在中國境內設立的其他代表機構名單(包括名稱、地址、聯系方式、首席代表姓名等);
(六)稅務機關要求提供的其他資料。
第五條 代表機構稅務登記內容發生變化或者駐在期屆滿、提前終止業務活動的，應當按照稅收征管法及相關規定，向主管稅務機關申報辦理變更登記或者注銷登記;代表機構應當在辦理注銷登記前，就其清算所得向主管稅務機關申報并依法繳納企業所得稅。
第六條 代表機構應當按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬薄，根據合法、有效憑證記賬，進行核算，并應按照實際履行的功能和承擔的風險相配比的原則，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，并按照《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。
第七條 對賬簿不健全，不能準確核算收入或成本費用，以及無法按照本辦法第六條規定據實申報的代表機構，稅務機關有權采取以下兩種方式核定其應納稅所得額：
(一)按經費支出換算收入：適用于能夠準確反映經費支出但不能準確反映收入或成本費用的代表機構。
1.計算公式：
收入額=本期經費支出額/(1—核定利潤率—營業稅稅率);
應納企業所得稅額=收入額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
2.代表機構的經費支出額包括：在中國境內、外支付給工作人員的工資薪金、獎金、津貼、福利費、物品采購費(包括汽車、辦公設備等固定資產)、通訊費、差旅費、房租、設備租賃費、交通費、交際費、其他費用等。
(1)購置固定資產所發生的支出，以及代表機構設立時或者搬遷等原因所發生的裝修費支出，應在發生時一次性作為經費支出額換算收入計稅。
(2)利息收入不得沖抵經費支出額;發生的交際應酬費，以實際發生數額計入經費支出額。
(3)以貨幣形式用于我國境內的公益、救濟性質的捐贈、滯納金、罰款，以及為其總機構墊付的不屬于其自身業務活動所發生的費用，不應作為代表機構的經費支出額;
(4)其他費用包括：為總機構從中國境內購買樣品所支付的樣品費和運輸費用;國外樣品運往中國發生的中國境內的倉儲費用、報關費用;總機構人員來華訪問聘用翻譯的費用;總機構為中國某個項目投標由代表機構支付的購買標書的費用，等等。
(二)按收入總額核定應納稅所得額：適用于可以準確反映收入但不能準確反映成本費用的代表機構。計算公式：
應納企業所得稅額=收入總額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
第八條 代表機構的核定利潤率不應低于15%。采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可調整為據實申報方式。
第九條 代表機構發生增值稅、營業稅應稅行為，應按照增值稅和營業稅的相關法規計算繳納應納稅款。
第十條 代表機構需要享受稅收協定待遇，應依照稅收協定以及《國家稅務總局關于印發〈非居民享受稅收協定待遇管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發〔2009〕124號)的有關規定辦理，并應按照本辦法第六條規定的時限辦理納稅申報事宜。
第十一條 本辦法自2010年1月1日起施行。原有規定與本辦法相抵觸的，以本辦法為準。《國家稅務總局關于加強外國企業常駐代表機構稅收征管有關問題的通知》(國稅發〔1996〕165號)、《國家稅務總局關于外國企業常駐代表機構有關稅收管理問題的通知》(國稅發〔2003〕28號)以及《國家稅務總局關于外國政府等在我國設立代表機構免稅審批程序有關問題的通知》(國稅函〔2008〕945號)廢止，各地不再受理審批代表機構企業所得稅免稅申請，并按照本辦法規定對已核準免稅的代表機構進行清理。
第十二條 各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局和地方稅務局可按本辦法規定制定具體操作規程，并報國家稅務總局(國際稅務司)備案。
根據《國家稅務總局關于印發〈外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法〉的通知》(國稅發〔2010〕18號)第六條規定，代表機構應當按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬簿，根據合法、有效憑證記賬，進行核算，并應按照實際履行的功能和承擔風險相配比的原則，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，并按照《增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。第八條規定，采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可調整為據實申報方式。第十一條規定，本辦法自2010年1月1日起施行。
國家稅務總局 關于印發《外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法》的通知 國稅發[2010]18號
外國企業常駐代表機構稅收管理暫行辦法
第一條 為規范外國企業常駐代表機構稅收管理，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》(以下簡稱稅收征管法)及其實施細則、《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例、《中華人民共和國營業稅暫行條例》及其實施細則、《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則，以及相關稅收法律法規，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱外國企業常駐代表機構，是指按照國務院有關規定，在工商行政管理部門登記或經有關部門批準，設立在中國境內的外國企業(包括港澳臺企業)及其他組織的常駐代表機構(以下簡稱代表機構)。
第三條 代表機構應當就其歸屬所得依法申報繳納企業所得稅，就其應稅收入依法申報繳納營業稅和增值稅。
第四條 代表機構應當自領取工商登記證件(或有關部門批準)之日起30日內，持以下資料，向其所在地主管稅務機關申報辦理稅務登記：
(一)工商營業執照副本或主管部門批準文件的原件及復印件;
(二)組織機構代碼證書副本原件及復印件;
(三)注冊地址及經營地址證明(產權證、租賃協議)原件及其復印件;如為自有房產，應提供產權證或買賣契約等合法的產權證明原件及其復印件;如為租賃的場所，應提供租賃協議原件及其復印件，出租人為自然人的還應提供產權證明的原件及復印件;
(四)首席代表(負責人)護照或其他合法身份證件的原件及復印件;
(五)外國企業設立代表機構的相關決議文件及在中國境內設立的其他代表機構名單(包括名稱、地址、聯系方式、首席代表姓名等);
(六)稅務機關要求提供的其他資料。
第五條 代表機構稅務登記內容發生變化或者駐在期屆滿、提前終止業務活動的，應當按照稅收征管法及相關規定，向主管稅務機關申報辦理變更登記或者注銷登記;代表機構應當在辦理注銷登記前，就其清算所得向主管稅務機關申報并依法繳納企業所得稅。
第六條 代表機構應當按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置賬薄，根據合法、有效憑證記賬，進行核算，并應按照實際履行的功能和承擔的風險相配比的原則，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，在季度終了之日起15日內向主管稅務機關據實申報繳納企業所得稅、營業稅，并按照《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則規定的納稅期限，向主管稅務機關據實申報繳納增值稅。
第七條 對賬簿不健全，不能準確核算收入或成本費用，以及無法按照本辦法第六條規定據實申報的代表機構，稅務機關有權采取以下兩種方式核定其應納稅所得額：
(一)按經費支出換算收入：適用于能夠準確反映經費支出但不能準確反映收入或成本費用的代表機構。
1.計算公式：
收入額=本期經費支出額/(1—核定利潤率—營業稅稅率);
應納企業所得稅額=收入額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
2.代表機構的經費支出額包括：在中國境內、外支付給工作人員的工資薪金、獎金、津貼、福利費、物品采購費(包括汽車、辦公設備等固定資產)、通訊費、差旅費、房租、設備租賃費、交通費、交際費、其他費用等。
(1)購置固定資產所發生的支出，以及代表機構設立時或者搬遷等原因所發生的裝修費支出，應在發生時一次性作為經費支出額換算收入計稅。
(2)利息收入不得沖抵經費支出額;發生的交際應酬費，以實際發生數額計入經費支出額。
(3)以貨幣形式用于我國境內的公益、救濟性質的捐贈、滯納金、罰款，以及為其總機構墊付的不屬于其自身業務活動所發生的費用，不應作為代表機構的經費支出額;
(4)其他費用包括：為總機構從中國境內購買樣品所支付的樣品費和運輸費用;國外樣品運往中國發生的中國境內的倉儲費用、報關費用;總機構人員來華訪問聘用翻譯的費用;總機構為中國某個項目投標由代表機構支付的購買標書的費用，等等。
(二)按收入總額核定應納稅所得額：適用于可以準確反映收入但不能準確反映成本費用的代表機構。計算公式：
應納企業所得稅額=收入總額×核定利潤率×企業所得稅稅率。
第八條 代表機構的核定利潤率不應低于15%。采取核定征收方式的代表機構，如能建立健全會計賬簿，準確計算其應稅收入和應納稅所得額，報主管稅務機關備案，可調整為據實申報方式。
第九條 代表機構發生增值稅、營業稅應稅行為，應按照增值稅和營業稅的相關法規計算繳納應納稅款。
第十條 代表機構需要享受稅收協定待遇，應依照稅收協定以及《國家稅務總局關于印發〈非居民享受稅收協定待遇管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發〔2009〕124號)的有關規定辦理，并應按照本辦法第六條規定的時限辦理納稅申報事宜。
第十一條 本辦法自2010年1月1日起施行。原有規定與本辦法相抵觸的，以本辦法為準。《國家稅務總局關于加強外國企業常駐代表機構稅收征管有關問題的通知》(國稅發〔1996〕165號)、《國家稅務總局關于外國企業常駐代表機構有關稅收管理問題的通知》(國稅發〔2003〕28號)以及《國家稅務總局關于外國政府等在我國設立代表機構免稅審批程序有關問題的通知》(國稅函〔2008〕945號)廢止，各地不再受理審批代表機構企業所得稅免稅申請，并按照本辦法規定對已核準免稅的代表機構進行清理。
第十二條 各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局和地方稅務局可按本辦法規定制定具體操作規程，并報國家稅務總局(國際稅務司)備案。
