根據(jù)《中華人民共和國公司法》和相關(guān)外商投資法律法規(guī)，境內(nèi)經(jīng)營的公司若其第一大股東為香港股東，但穿透后的自然人股東為中國國籍，這種情況下公司可能需要滿足特定的外資準(zhǔn)入和監(jiān)管要求。具體來說：

外資準(zhǔn)入政策：中國對外商投資實行準(zhǔn)入前國民待遇加負(fù)面清單管理制度。根據(jù)負(fù)面清單的規(guī)定，某些行業(yè)和領(lǐng)域?qū)ν赓Y有特別限制或禁止。如果公司經(jīng)營的業(yè)務(wù)不在負(fù)面清單限制范圍內(nèi)，那么即使第一大股東為香港股東，只要最終控制權(quán)或主要股東為中國國籍，通常不會面臨額外的外資準(zhǔn)入障礙。

股權(quán)穿透：監(jiān)管部門在審查外商投資時，可能會穿透至最終自然人股東來判斷其是否符合外資投資的限制條件。如果穿透后的最終自然人股東為中國國籍，且該股東的實際控制權(quán)并未違反中國法律關(guān)于外資比例的限制（例如，某些行業(yè)對外資持股比例有限制），那么公司可以正常經(jīng)營。

稅務(wù)和外匯管理：由于公司為境內(nèi)經(jīng)營，其稅務(wù)和外匯管理仍然遵循中國法律法規(guī)。例如，公司需要按照中國稅法規(guī)定繳納稅款，并且在外匯管理上，資金進(jìn)出需符合國家外匯管理局的相關(guān)規(guī)定，無論其第一大股東或最終自然人股東的國籍如何。

信息披露和合規(guī)要求：公司需要在年報、公司登記等文件中如實披露其股權(quán)結(jié)構(gòu)，包括第一大股東和最終自然人股東的身份信息。如果股權(quán)結(jié)構(gòu)復(fù)雜，公司還需提供穿透后的股東信息，以確保透明度和合規(guī)性。

行業(yè)特定監(jiān)管：某些行業(yè)可能有額外的監(jiān)管要求，如金融、電信等敏感領(lǐng)域，這些行業(yè)對外資持股比例有嚴(yán)格限制。如果公司屬于此類行業(yè)，即使最終自然人股東為中國國籍，也需要遵守相應(yīng)的外資持股比例規(guī)定。

審批和備案：在某些特定情況下，公司可能需要向商務(wù)部門、行業(yè)監(jiān)管部門或發(fā)改委等機構(gòu)進(jìn)行審批或備案。這些程序確保外資投資符合國家政策導(dǎo)向和行業(yè)規(guī)范。

總之，只要公司經(jīng)營的業(yè)務(wù)符合中國外資準(zhǔn)入政策，且穿透后的自然人股東為中國國籍，不會對公司的正常經(jīng)營產(chǎn)生實質(zhì)性影響。公司需確保股權(quán)結(jié)構(gòu)清晰，遵守相關(guān)法律法規(guī)，并在必要時完成審批和備案程序。