注冊商標屬于知識產權性支出，可以扣除。從2011/12課稅年度起，擴大了可扣除其資本性支出的知識產權范圍，這些知識產權包括版權、注冊外觀設計和注冊商標（統稱為“指明知識產權”）。香港稅務局在《釋義及執行指引第49號》中對以下有關規定進行了解讀：

• 與知識產權（專利權，工業知識權利，版權，外觀設計權，商標權）相關的資本性支出的利得稅扣除
• 由知識產權許可產生的特許權使用費征稅事宜

知識產權購買成本的扣除規則

1. 扣除標準
   根據《釋義及執行指引第49號》的總結，滿足下列條件時，可允許納稅人扣除符合資格的知識產權的購買成本：
   a. 相關的知識產權存在（當該知識產權系版權或工業知識權利時），或者相關的知識產權（當該知識產權系專利權、外觀設計或商標權時）的注冊屬于有效。
   b. 在課稅期結束時納稅人對相關權利享有法律和經濟上的所有權。
   c. 知識產權在香港地區使用，或者由納稅人本人在香港以外地區使用。
   d. 相關知識產權已被用于產生香港應課稅利潤。
2. 扣除時間
   a. 專利權或工業知識權利的購買成本可在購買當年一次性扣除。
   b. 指名知識產權（即版權、注冊外觀設計或注冊商標權）的購買成本可自購買年度起的五個課稅年度內按直線分攤方法扣除。
3. 后續處置
   如果知識產權的購買成本已作扣除，則后續銷售該知識產權取得的價款須按《稅務條例》規定課稅。但在任何情況下，該應稅額都不得超過之前已扣除的支出額。對于版權、注冊外觀設計和注冊商標而言，此處在確定其應稅額及扣除額時所運用的軋差調整方法和后續銷售機械及工業裝置的處理較為類似。即如果尚未扣除的支出額超過了銷售價款，則超出部分可予以扣除；反之，銷售價款超過尚未扣除的支出額的部分則將被課稅。
4. 不得扣除的情形
   為了避免濫用，稅法條款明確了以下不得扣除的情形：
   
   • 第 16EC條第(1)款：根據該條款規定，當指明知識產權（即版權、注冊外觀設計或注冊商標）的特許安排被提前終止，并且隨后由特許持有人(licensee)購買該知識產權時，在某些情況下，相應的購買成本不得扣除。《釋義及執行指引第49號》明確該條款系一項過渡性規定，對于自新稅法生效日（即2011年12月16日）及之后成為指名知識產權特許持有人(licensee)的納稅人不具有適用性。
   • 第 16EC條第(2)款：該條款規定，全部或部分向“相聯者”購買的有關知識產權，不論其價格是否按遵循獨立交易原則，其購買成本均不得扣除。根據第16EC條第(8)款， “相聯者”的范圍較為寬泛，涵蓋自然人、合伙企業的合伙人、共同控制下的公司、信托。
   • 第 16EC條第(4)(a)款：該條款對某些將知識產權出售后又返許可給出售方的交易安排作出了禁止扣除的規定。
   • 第 16EC條第(4)(b)款：該條款規定，若在任一時間該項知識產權由其權利所有人之外的其他人完全或主要在香港以外地區使用，則購買該項權利所發生的資本性支出不得扣除。
   • 第 16EC條第(4)(c)款：該條款主要針對利用財務杠桿支持的知識產權許可安排。根據此項規定，當購買知識產權的全部或主要代價是由無追索權債務直接或間接提供資金時，許可方購買該知識產權的支出不得扣除。

上述限制扣除條款與《稅務條例》第39E條中限制機械及工業裝置折舊扣除的反避稅規定很類似。第16EC條第(4)(b)款對知識產權由納稅人之外的其他人完全或主要在香港以外地區使用的稅務處理規定仍頗具爭議。例如，香港納稅人經常與香港以外的制造商（如內地生產企業）簽訂合同，由后者為其生產貨物；非香港地區的制造商在貨物制造過程中被允許使用香港納稅人取得并持有的知識產權。這類知識產權即會被視為“由該納稅人之外的其他人完全或主要在香港以外地區使用”。因此，即使香港納稅人銷售由內地生產企業所制造的貨物并據此取得的利潤已在香港全額課稅，該知識產權的購買成本仍不能獲得扣除。

《釋義及執行指引第49號》中的示例體現了香港稅務局在這方面的觀點。在第15則示例中，納稅人購買了一項在香港和內地同時注冊的商標。由于在內地注冊的商標由該納稅人之外的其他人（即內地生產企業）在香港以外地區（即內地）使用，故相應的內地注冊的商標之購買價款不得扣除。而與之不同的是，在第13則示例中，納稅人購買了一項僅在香港注冊的商標。該納稅人與一家內地生產企業簽訂合同，由后者制造附有該香港商標的產品。當產品在內地制造時，內地生產企業所使用的商標是并未在內地注冊的商標，因而香港稅務局同意該商標之購買價款可以全額扣除。

稅務局觀點-通過特許使用知識產權方式獲得的特許權使用費的稅務處理

知識產權購買成本得以扣除的前提之一是該知識產權需被用于產生香港應課稅利潤。因此，當一項知識產權被許可使用或轉許可使用時，從中獲得的特許權使用費是否被認定為來源于香港，并據此在香港課稅的所得（反之，若認定為非來源于香港則在香港不具有納稅義務），將會對該項知識產權的購買價款是否能夠申報扣除產生影響。《釋義及執行指引第49號》就知識產權許可使用所獲得的特許權使用費稅務處理闡釋了稅務局的觀點：

1. 知識產權由許可人(licensor)創造或開發的情形
   如果該項知識產權是由在香港從事經營活動的納稅人創造或開發，通過這種方式獲得的知識產權特許權使用費一般會被認定為來源于香港的所得，且應在香港課稅，即使該項知識產權被許可給香港之外的主體使用。這是因為特許權使用費的產生主要基于該納稅人通過其創意和勞動在香港本地創造或開發出這項知識產權。
2. 知識產權由許可人購買的情形
   如果納稅人購買一項知識產權并將其以特許方式由另一主體在香港以外地區使用，通過這種方式獲得的知識產權特許權使用費一般會被認定為非來源于香港，且因此在香港不具有納稅義務。
3. 知識產權不由許可人擁有的情形
   如果納稅人從知識產權所有人處獲得該項知識產權的使用許可，并且將該知識產權轉許可給另一主體在香港以外地區使用，此時稅務局需要考察許可權獲取和授予的地點來確定所得來源地。
   香港稅務局同時強調，在香港從事經營活動的納稅人通過知識產權特許使用方式獲得的特許權使用費是否需要在香港課稅，需要根據事實情況來做出具體的判斷。